События сиквела «Восстания планеты обезьян» разворачиваются через пятнадцать лет после завершения первой главы истории разумного шимпанзе Цезаря. В борьбе с умнеющими на глазах приматами человечество потерпело поражение, и большинство людей погибли, а миром правят мозговитые приматы. В Сан-Франциско небольшая группа ученых из числа уцелевших людей организовывает сопротивление.